La Biblioteca è stata fondata nel 1994 in occasione delle celebrazioni per l’Ottocentenario della nascita di Federico II, aggiungendo la sterminata produzione di pubblicazioni ai volumi di medievistica già presenti e alla rivista edita dalla Fondazione stessa e denominata “Tabulae” che poi si è arricchita fino al numero 50 e arrestata nel 2016. Questo primo impianto è cresciuto negli anni con acquisizioni, acquisti e fondi ricevuti. La Biblioteca ha acquisito tre fondi molto importanti: due da parte di docenti universitari e uno da un privato. Ad oggi è una delle biblioteche più fornite riguardo la figura di Federico II, della sua casata e del Medioevo in generale, con pubblicazioni anche al di fuori dei circuiti editoriali tradizionali. Data la poliedricità della figura di Federico II, la Fondazione è collegata con realtà che operano all’estero e dispone quindi di una sezione in lingua tedesca e di volumi in lingua francese. Sono presenti oltre 5000 volumi.